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Situées à 90 kilomètres de San Pedro, les lagunes Miscanti et Minique se trouvent à plus de 4 000 mètres d'altitude. Elles sont alimentées par des sources d'eau provenant de la surface de la terre, attirant une grande variété d'animaux, comme l'abondance de flamants roses, un contraste sévère entouré de montagnes enneigées et se reflétant brillamment dans ses eaux. Le trajet depuis San Pedro passe par Toconao et borde la Lagune de l'Atacama.



Ces lagunes altiplaniques sont l'un des 7 secteurs qui constituent la Réserve Nationale Los Flamencos. Elles se trouvent à 18 kilomètres au sud de Socaire. Le paysage est caractérisé par des volcans et un relief montagneux, mettant en valeur les collines Miscanti et Miñiques. Dans les lagunes habitent des espèces telles que: tagua cornuda, flamant chilien, parina chica, caitó, playero de baird, chorlo de la puna, canard juarjual et guallata. La flore est principalement composée de llareta et de paja brava. Dans les secteurs environnants, il existe des sites archéologiques.



Également la Laguna Verde (Lagune Verte); lagune de montagne, située à 4325 mètres d'altitude, à 265 kilomètres au nord-est de Copiapó. Elle est d'une couleur vert émeraude intense, entourée de sommets andins. Sans vie apparente, sur sa rive sud se produisent des émergences d'eaux thermales chaudes, à seulement 21 kilomètres de la limite et de la frontière avec l'Argentine, aux abords de la route du Paso San Francisco.



Les formations géologiques des collines et des terres adjacentes permettent de vérifier les contributions volcaniques successives dans la région, représentées également par le volcan voisin Ojos del Salado, dont la dernière éruption remonte à 1956.

Enfin, il est nécessaire de mentionner la Lagune Sejar; un environnement naturel de beauté, avec des eaux turquoise, entourées de cristaux de sel de formes diverses. Sa construction géomorphologique est un cas très particulier dans le désert d'Atacama; elle est due à la dissolution de structures caucasiennes.
 

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