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Gegründet von dem belgischen Priester Gustavo Le Paige, zeigt das nach ihm benannte Archäologische Museum die Evolution der atacamäischen Kultur über mehr als elftausend Jahre hinweg durch eine wertvolle Sammlung von Anden-Archäologie, die unter anderem Keramikstücke, Kleidung, Utensilien und Mumien umfasst. Berühmt ist die alte atacamäische Mumie, die in der Wüste gefunden wurde und als Miss Chile bezeichnet wurde.
Die Geschichte des Museums reicht zurück bis ins Jahr 1955, als Le Paige in San Pedro durch seine kirchliche Arbeit Wurzeln schlägt und sich parallel dazu dem Studium der atacamäischen Vergangenheit widmet. Er sammelt Material in Dörfern und Friedhöfen, das im Pfarrhaus aufbewahrt wird. Mit Hilfe der örtlichen Bevölkerung sammelt der Priester die Materialien und beginnt mit dem Bau eines Ortes, an dem die Stücke ausgestellt werden können, und erhält bald die Unterstützung der Katholischen Universität des Nordens, damals noch im Besitz des Jesuitenordens, um das Museum zu qualifizieren.

1957 wird das erste Museum eröffnet, das zahlreiche hispanische Stücke (Keramik, Textilien, Metalle) und atacamäische Mumien enthielt.
Im Jahr 1963 eröffnete das Museum mit Unterstützung der Katholischen Universität des Nordens, das erste Pavillon des heutigen Museums, das sich im Zentrum von San Pedro de Atacama befindet. Dieses Museum verfügt über eine Sammlung von etwa 380.000 Stücken, die auf dem atacamäischen Territorium gefunden wurden und dem Zeitraum vom Ursprung der San Pedro Kultur bis zur Ankunft der Spanier entsprechen.
Heute verfügt das Museum über drei Pavillons:
- Die Ausstellungshalle
- Die Labore, Forschung, Bibliothek und Dokumentationspavillon
- Lagerpavillon
Im Jahr 1991 wurde mit Beiträgen von Minere Escondida der Schatzraum eröffnet, der archäologische Stücke mit Gold enthält.
Für den Besucher ist das Archäologische Museum ein interessanter und sehenswerter Besuch, der es ihnen ermöglicht, die wichtigsten und spektakulärsten Aspekte der Geschichte von San Pedro de Atacama kennenzulernen.